2003年的一项关于幼儿园儿童口腔卫生情况的研究发现，儿童口腔细菌中约有15％是耐药菌，97％的儿童口腔中藏有耐4—6种抗生素的细菌，虽然这些儿童在此前3个月中都没有使用过抗生素。
从某种意义上说，现代医学正在为它的成功付出代价。抗生素的普遍使用有力的抑制了普通细菌，客观上减少了微生物世界的竞争，因而促进了耐药性细菌的增长。
细菌耐药基因的种类和数量增长速度之快，是无法用生物的随机突变来解释的。细菌不仅在同种内，而且在不同的物种之间交换基因，甚至能够从已经死亡的同类散落的DNA中获得基因。事实上，这些年来，每一种已知的致病菌都已或多或少获得了耐药基因。研究人员对一株耐万古霉素肠球菌的分析表明，它的基因组中，超过四分之一的基因，包括所有耐抗生素基因，都是外来的。耐多种抗生素的鲍氏不动杆菌也是在与其他菌种交换基因中获得了大部分耐药基因。
研究人员正在梳理链霉菌之类土壤微生物的DNA，他们对近500个链霉菌品系的每一个菌种都检测了对多种抗生素的耐药性。结果，平均每种链霉菌能够耐受七八种抗生素，有许多能够耐受十四五种。对于试验中用到的21种抗生素，包括泰利霉素和利奈唑胺这两种全新的合成抗生素，研究人员在链霉菌中都发现了耐药基因。研究发现，这些耐药基因与致病菌中耐药基因有着细微的差异。有证据表明，耐药基因在从土壤到危重病人的旅途中，经过了许多次转移。
世界卫生组织呼吁，为防止滥用抗生素而导致细菌产生抗药性，欧盟军顶从2006年1月起，全面禁止将抗生素作为生出生长促进剂。
据美国胸内科医师学会的《Chest》杂志消息，一项由加拿大马尼托巴大学和蒙特利尔的McGill大学共同进行的研究揭示，在一岁内的婴儿应用抗生素可能明显的增加其在7岁前罹患哮喘的风险。
该研究的结论是，在1岁内曾接受抗生素治疗非呼吸道感染的小孩在其7岁时罹患哮喘的风险是在1岁内未曾接受过抗生素治疗的小孩的2倍。接受治疗的次数越多，其罹患哮喘的风险越大。
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